Gefährdete Arten machen einen hohen Anteil unserer Flora aus (zirka 1/3 der Flora der Schweiz ist gefährdet). Daher musste die SKEW gleich zu Beginn im Artenschutz Prioritäten setzen und ihre Aktivitäten zuerst auf Arten, die besonders dringender Schutzmassnahmen bedürfen und Arten, die von internationaler Bedeutung sind, konzentrieren.

1992 wurde von der SKEW, aufgrund der Roten Liste 1991 von E. Landolt und verschiedenen europäischen Dokumenten, eine erste prioritäre Liste mit rund 40 in der Schweiz vorkommenden, europaweit gefährdeten und seltenen Pflanzenarten definiert.

1997 hat eine SKEW/ZDSF-Expertengruppe dieser Liste eine Auswahl weiterer gefährdeter Arten hinzugefügt und so die  Gesamliste mit rund 700 prioritären Pflanzenarten für die Schweiz aufgestellt. Für 142 Arten davon wurden detaillierte Angaben in der Literatur und im Feld gesammelt, welche in den "Merkblättern Artenschutz" zusammen gefasst wurden.

Das ZDSF hat im 2007 die prioritäre Liste im Auftrag des Bundesamtes für Umwelt, BAFU, überarbeitet. Zur Erstellung der aktuellen prioritäre Liste wurden folgende Kriterien benutzt:  

• der Gefährdungsstatus der Arten auf der Roten Liste 2002, welche die internationalen Gefährdungskategorien der IUCN anwendet
• die internationale Verantwortung der Schweiz für die indigenen Arten, das heisst der Anteil des Verbreitungsareals in der Schweiz und der Endemismusgrad (Eggenberg, S. & Landolt, E.; 2006; Für welche Pflanzenarten hat die Schweiz eine internationale Verantwortung; Bot. Helv. 116/2: 119-133)